சமாதான ஒப்பந்தம் நடைமுறையில் இருந்த காலத்தில் கிழக்கில் போர் மூண்டது. மட்டக்களப்பு மாவட்டத்தின் வாகரை கதிரைவெளிப் பகுதிகளில் இடம்பெயர்ந்த அகதிகள் தங்கியிருந்த பாடசாலைகளின் மீது நவம்பர் 8,2006ல் இலங்கை இராணுவம் மிகமோசமான குண்டுவீச்சு மற்றும் எறிகணைத் தாக்குதல் நடத்தி அப்பாவித் தமிழ் மக்களை படுகொலை செய்தது.
இந்நிகழ்வின் விளைவாக 50க்கும் அதிகமான அகதித்தமிழர்கள் இறந்ததுடன் 100க்கும் அதிகமானோர் காயமுற்று உள்ளூர் மருத்துவமனைகளில் அனுமதிக்கப்பட்டனர். வாகரைப் பகுதி, இலங்கையின் கிழக்கே மட்டக்களப்பு நகருக்கு வடக்காக அமைந்துள்ளது. தமிழர்கள் செறிந்து வாழும் இந்நகர் அப்போது தமிழீழ விடுதலைப் புலிகளின் கட்டுப்பாட்டில் இருந்தது.
வாகரையில் ஐக்கிய நாடுகள் அவையின் உலக உணவு திட்டம் அடங்கலாக பலவித நிவாரண உதவிகள் வழங்கும் வழிகளை மூன்று கிழமையாக இலங்கை அரசு, தடுத்துவருவதாகவும் மேலும், வாகரை குண்டுதாக்குதலில் காயமுற்றவர்களை இராணுவ சோதனைச்சாவடி ஊடாக கொண்டு செல்வதற்கு இராணுவ கெடுபிடியால் மூன்று மணித்தியாலம் வரை பிடித்ததாகவும் தமிழீழ விடுதலைப் புலிகளின் திருகோணமலை மாவட்ட அரசியல் துறைப்பொறுப்பாளராக அப்போதிருந்த எழிலன் கூறியிருந்தார்.
இதனை தமிழீழ விடுதலைப்புலிகள் முற்றிலுமாக மறுத்தனர்.. இலங்கைப் போர்நிறுத்தக் கண்காணிப்புக் குழுவும் தொடர்புடைய பாடசாலையிலும் அதனை அண்டியுள்ள பகுதியும் இராணுவத் தளமாக பாவிக்கப்பட்டமைக்கான எந்தவொரு அறிகுறிகளையும் தாம் காணவில்லை என தெரிவித்தது.
வாகரை நிகழ்வு இலங்கை வாழ் தமிழர் இடையில் அரசின் மீது பரந்த வெறுப்பையும் கோபத்தினையும் உருவாக்கி உள்ளது. இச்சம்பவத்தை கண்டித்து தமிழ் தேசியக்கூட்டமைப்பின் பாராளுமன்ற உறுப்பினர்களினால் இலங்கைகான UNICEF தலைமை அலுவலகத்தின் முன்னால் ஆர்ப்பாட்டம் நடாத்தப்பட்டது.இந்த ஆர்ப்பாட்டத்தை முன்னின்று நடாத்திய முண்ணனி தமிழ் பாராளுமன்ற உறுப்பினர் நடராஜா ரவிராஜ் மறுநாளே கொழும்பில் சுட்டுக் கொல்லப்பட்டார்.